После вымораживания парафина часть выделенного из парафинового масла газообразных веществ поступает на этап дезодорирования для удаления свободных жирных кислот и имеющих посторонние запахи газов, что будет осуществляться в условиях высокого вакуума в колонне дезодорирования. Удаленные жирные кислоты собираются в коллекторе жирных кислот и закачиваются в приемный бак, а позднее используются как побочный продукт.

Для экономии ресурсов обесцвеченное масло сначала поступает в теплообменник для теплообмена с дезодорированным маслом, после чего с помощью горячего пара нагревается до температуры дезодорирования 235-236°C.

В дезодорирующем компоненте вакуумной системы применяется водокольцевой вакуумный насос, а экстрагированный в условиях вакуума дезодорирования запах задерживается циркуляцией воды, таким образом с прошедших дезодорирование частей удаляется неприятный запах.